La estructura interna de la médula es muy característica, haciendo un corte transversal, se diferenciara en forma de mariposa, o de "H", la sustancia gris, envolviendo la sustancia gris se encuentra la sustancia blanca. A diferencia que en el encéfalo, donde la sustancia gris es la exterior, y la blanca la interior.

Esta dividida en dos mitades simétricas por el surco medio posterior y la fisura media anterior (sin llegar a dividirla del todo). En el centro de la médula se encuentra el conducto central o epéndimo.

La sustancia gris, en forma de "H", se divide en varias partes: Dos astas posteriores, dos laterales y dos anteriores. Cada asta también está dividida en varias zonas. La asta anterior se divide en cabeza y base y es lugar de emisión de las raíces de los nervios, la posterior en cabeza, cuello y base y es el lugar de recepción de las raíces de los nervios y la asta lateral sirve de unión de las astas posteriores y anteriores. 

La sustancia blanca, se divide en cordones, hay tres cordones: Cordón anterior, lateral y posterior. Cada cordón tiene unos tractos que sirven para comunicar el cerebro con el resto del cuerpo.